Pada Waktu dulu ada sebuah Desa yang bernama Palimanan yang letaknya dipusatkan Kota Kecamatan Palimanan Kabupaten Cirebon, Luasnya 26.764 Ha, terdiri dari tanah bukit dan tanah datar di kaki Gunung Ciremai.
Waktu awal mula tumbuhnya dan berkembangya ajaran Islam di bawah kerajaan Islam Cirebon yang dipimpin oleh Kanjeng Sinuhun Syekh Syarif Hidayatullah dan rama uwaknya Pangeran Cakrabuana (Mba Kuwu Cirebon), beliau mengutus seorang kesatria pilih tanding untuk menggempur dan menundukkan orang – orang yang masih kafir dan memusuhi Islam. Kesatria tadi merubah wujud menjadi Nyai Mas Ganda Sari, Nyai artinya Perempuan, Mas artinya seorang laki laki, Ganda Sari artinya memiliki dua kemaluan, Perempuan dan Laki Laki, Nyai Mas Ganda Sari sebelum maju kemedan perang (pertempuan) terlebih dahulu menitipkan pelanangannya atau PELI (Penis) kepada seorang Ki Gede yang juga sakti Mandraguna (Raga Poyan).
Singkat Cerita usai pertempuran Nyai Mas Gandasari bermaksud hendak mengambil; Peli yang dititipkan kepada Kigede tadi, namun apa yang terjadi, begitu kecewa karena Peli yang dititipkan tadi tanpa disengaja termakan (“keeleg” –Bahasa Cirebon) dan masuk kedalam perut, tetelan kedalam perut Ki Gede, maka berkatalah Nyi Mas Ganda sari kepada Ki Gede , “ Makan peli layaknya seorang raksasa. Dan kejadian itulah maka daerah tersebut dinamakan Palimanan, yang kemudian menjadi Desa palimanan.
Pada pertengahan Abad ke 15 sekitar tahun 1450, Wilayah penduduk Cherbon masih dikuasai Prabu Cakraningrat kerajaan galuh yang berkedudukan di raja Galuh bawahan kerajaan Pajajaran.Pada saat itu penguasa kerajaan galuh pakuan untuk wilayah Cirebon dipercayakan kepada Panglima perang yang bernama KI Patih Arya Kiban atau Ki Gede Palimanan dibantu oleh Arya Gempol, Arya Sutem, Arya Begel, dan Lainnya.
Pusat perwakilan kerajaan berkedudukan di Palimanan sebagai pintu gerbang pertahanan untuk Memantau/Mengawasi situasi kerajaan islam Charbon dibawah pimpinan SyekhSyarif Hidayatullah.
Tempat situs bersejarah peninggalan leluhur : Gua Dalam, Gua Topong, Gua Macan, Gua Lawa, Gua Lawan Sanga, Gunung Jaran, Gunung Kromong, Undung – Undung Palimanan, Banyu Panas, Gunung Blindis serata masih banyak yang lainya. Situs situs tersebut sebagian besar sudah punah dan tinggal namanya saja karena adanya pembangunan Pabrik Semen Tiga Roda serta masuk Wilayah Pabrik Semen.Situs yang masih ada yaitu Gua Dalem tersebut terdapat Makam Kasan - Kusen yang berasal yang dari Mesir, situs tersebut masuk wilayah Desa Palimanan Barat Kecamatan Gempol.
Pada tahun 1982 diadakan pertemuan/ Musyawarah antara tokoh masyarakat dengan Aparat Pemerintahan Desa Palimanan, dari hasil musyawarah itu disepakati bahwa wilayah Desa Palimanan dimekar menjadi dua desa yaitu Desa Palimanan Timur dan Desa Palimanan Barat yang keduanya berada di Kecamatan Palimanan. Pepatah orang Palimanan’’Sugi Beli Rerawat, Melarat Beli Gegulat”
Sejak tahun 2005 Desa Palimanan Timur masuk ke Kecamatan Palimanan sedangkan Desa Palimanan Barat masuk Ke Kecamatan Gempol.